无处不在的微生物，对有机化合物有强大的分解能力，是大自然的清洁工，被誉为“天然环境卫士”。可以想象，如果没有微生物，地球上的动植物残体将会堆积如山，挤占人类的生存空间，让人类没有立足之地。于是，以微生物为载体制成的果根保微生物菌肥，被广泛用于治理土壤污染。
微生物以污染物为食
在中科院微生物所研究了30多年微生物学的刘志恒研究员称，许多微生物“以污染物为食”，如碳水化合物类污染物、蛋白质类污染物和脂肪类污染物都能被各种微生物分解，成为它们生长的能量。利用微生物解决环境污染有巨大发展潜力，越来越多的人开始专注开发环保用微生物菌剂。以活的有益微生物为主要指标、用于农业生产和治理土壤污染、破除土壤板结、拮抗病原微生物、提高农产品品质、提高产量等作用的的制剂被定义为微生物肥料。现在，果根保微生物肥料已经成为肥料家族中一个重要品类。
果根保微生物肥料在治理土壤污染方面主要有以下三方面的作用：
1、是微生物通过代谢将污染物氧化分解为二氧化碳和水等终产物，或转化为微生物和植物的营养物质，比如光合细菌和芽孢杆菌等，能将恶臭气体硫化氢转化成自身生长所需要的硫元素。
2、果根保的微生物含有多糖类黏性物质，可以吸附环境中的污染物。我国土壤重金属污染形势严峻，利用微生物吸附重金属离子，是目前有发展前景的治污方法之一。
3、是把果根保微生物肥料施入土壤后，有益微生物就成为土壤环境中的优势菌，能抑制病原菌和腐败菌的生长。
生物除污标本兼治
土壤中有成千上万种微生物，千百年来各种微生物同在一个环境中生存繁衍，相处得相安无事。由于人类想从土壤中获取更多的利益，于是就过度开发土壤，表现在增加复种指数，滥施滥用化学肥料，施用未腐熟的农家肥等。
——如果复种指数提高又不能倒茬，病原微生物就会重复侵染这种植物的根系，形成重茬障碍；
——我国化肥的亩用量已经达到了世界平均水平的1.6倍，经济作物用量更大，产生的直接结果就是土壤板结。这种土壤透气性很差，植物根系呼吸作用产生的排泄物难以被降解，形成土壤污染，导致植物根系病害；
——未腐熟的有机肥中含有大肠杆菌等病原微生物，也是土壤的污染源。
生物方法就是施用果根保微生物肥料。有益微生物形成的种群优势，不仅能“吃掉”病原菌，还能变废为宝。又如，有机肥自然腐熟靠的是天然微生物，因此，有机肥自然腐熟是一个缓慢的过程，大部分农民使用的都是未腐熟或未完全腐熟的有机肥，这种有机肥不但没用反而有害。应用果根保微生物肥料，就能短期内把已经施入土壤中的有机肥腐熟，除掉其中的有害菌，增加对土壤和植物真正有用的有机质。